Evropska unija je ključni partner i donator Instituta za razvoj i inovacije. Evropska komisija daje podršku u radu Instituta za razvoj i inovacije kroz finansiranje oblasti istraživanja i inovacija. U okviru programa Horizon 2020 i Horizon Europe trenutno su podržana tri projekta – upPE-T, DALIA i RURALITIES u iznosu od preko 650.000 evra. Institut za razvoj i inovacije u okviru svog programa Zelena i digitalna transformacija, pored navedenih Horizon projekata, uz pomoć Evropske unije je realizovao i projekat „Prvi koraci ka digitalnom Čačku“ koji se odnosio na pružanje podrške za modernizaciju i digitalizaciju državne administracije u Srbiji.
Takođe, kroz finansijska sredstva opredeljena IPA programom Prekogranične saradnje Srbija – Bosna i Hercegovina i sprovođenje projekta NESESER, Evropska unija podržava rad Instituta za razvoj i inovacije u okviru njegove programske oblasti Ekonomski razvoj.
Institut za razvoj i inovacije je ekspertski angažovan na značajnom broju projekata koje podržava Evropska unija, a jedan od primera je regionalni projekta BY LEAP koji sprovode Dostignuća mladih u Srbiji zajedno sa još sedam regionalnih partnera.